药物研发是一条漫长而充斥挑战的路路。其失败的主题症结 ，往往并非化合物自身的问题 ，而是源于最初的如果——对靶点的生物学作用、疾病有关性或成药性的判断出现了误差。这一造约在药物研发领域的“源头”难题 ，持久以来依赖于疾病生物学家们通过繁沉的人为劳动 ，整合海量、多样的生物医学数据 ，以“直觉驱动”的方式提出可供验证的假说。
然而 ，这一传统工作流是碎片化的 ，且严沉依赖科学家的幼我经验。随着基因组学、蛋白质组学、临床纪录等多模态数据的爆炸式增长 ，人类科学家愈起事以凭一己之力实现高效、精准的跨领域推理。
意识到国内涵原创新药领域的这一基础性挑战 ，由临港尝试室、上海人为智能尝试室、上海交通大学、复旦大学及其从属榆林医院等多家机构结合组建的科研团队 ，致力于利用人为智能技术 ，提升药物发现关键环节的效能和精度 ，索求其优化与改革的可能性。
近期 ，该团队颁布了一个被界说为“自进化虚构疾病生物学家”（Self-Evolving Virtual Disease Biologist）的多智能体（Multi-agent）系统。它可能以规�；姆绞� ，系统性地鉴别拥有清澈机造的、原创性的医治靶点 ，为加快药物开发提供了一个全新的范式。
这项被定名为“元生”（OriGene）的多智能体系统由五个专门的 AI 智能体组成：协调智能体（Coordinator Agent）掌管分析和分化用户查问；规划智能体（Planning Agent）确定使用哪些专业工具；推理智能体（Reasoning Agent）综合多模态输出并鉴别关键关系；品评智能体（Critic Agent）对模型结论进行批评性分析；汇报智能体（Reporting Agent）将复杂的钻研发现转化为清澈的汇报。
出格值得一提的是 ，OriGene 选取了怪异的“思想模板”（thinking template）机造。该论文共同通讯作者、上海交通大学郑双佳助理教授郑郑双佳向 DeepTech 暗示 ，目前的 AI 系统固然在工具挪用方面阐发杰出 ，但在复杂的逻辑推理上仍可能出现误差。因而 ，团队从大量生物信息学钻研论文中提取了专家的推理模式 ，形成结构化的思想模板来疏导 AI 的推理过程。“这就像给 AI 建设了一位经验丰硕的导师 ，确保它依照科学的步骤论来分化问题和选择工具。”
OriGene 的另一个突破性创新是其双沉自进化能力。在单个问题解决层面 ，系统通过迭代的工作分化、工具利用、反思和沉新规划过程 ，不休优化答案质量。当系统处置复杂的生物学问题时 ，会像 DeepResearch 步骤一样 ，通过增长推算资源和迭代次数来提升响应质量。尝试批注 ，将推算成本增长九倍时 ，系统在基准测试上的正确率从 62.81% 提升到了 78.39%。
更沉要的是 ，OriGene 还具备系统级的自进化能力。系统可能从自己天生的高质量解决规划中提取新的思想模板 ，不休扩充和优化其推理能力。“这创造了一个良性循环：高质量的输出成为模板提取的输入 ，天生拥有加强推理模式的第二代模板。”郑双佳说 ，“这种多代模板演化使得 OriGene 可能在没有传统模型沉新训练的情况下 ，持续提升其能力。”
为了客观评估 OriGene 的机能 ，钻研团队构建了目前靶标发现领域最大的基准测试集 TRQA（Target Research Question-Answering） ，蕴含 1915 个专家级此外问答对 ，涵盖了宽泛的疾病和靶标类型领域。在测试中 ，OriGene 的阐发超过了人类专家、通用说话模型（如 GPT-4o 和 DeepSeek-V3） ，以及现有的专业 AI 智能体系统。
OriGene 的另一个凸起特点是其重大的工具生态系统。系统集成了超过 500 种专业工具和 18 个精选的生物医学数据库 ，形成了一个统一的分析框架。这些工具涵盖了疾病生物学、基础生物学、药理学和竞争格局分析四个关键领域。通过 MCP（Model Context Protocol）和谈 ，系统可能矫捷挪用从 ClinVar（临床变异数据库）到 AlphaFold（蛋白质结构预测）等各类专业资源。
在肝癌钻研中 ，OriGene 从 125 个初始候选靶标中 ，通过多轮迭代分析 ，最终锁定了 GPR160。系统分析显示 ，GPR160 在肝癌组织中显著高表白 ，且其表白水平与患者的无复产生计期（Recurrence-Free Survival）呈显著负有关。后续的尝试验证齐全证实了 OriGene 的预测：GPR160 抑造剂不仅能直接杀伤肝癌细胞 ，还能显著激活 T 细胞的抗肿瘤免疫反映。
“我们发现 GPR160 抑造剂在病人起源的类器官（Patient-Derived Organoids）中阐发出了很好的抗肿瘤活性。”郑双佳介绍说 ，“在人源化幼鼠模型中 ，GPR160 抑造剂显著抑造了肿瘤成长 ，同时推进了 CD4+ 和 CD8+ T 细胞向肿瘤微环境的浸润。”
在结直肠癌的钻研中 ，OriGene 同样展示了杰出的靶标发现能力。系统从 86 个候选靶标中鉴别出了 ARG2 ，并造订了齐全的尝试验证战术。尝试了局批注 ，ARG2 抑造剂在 4 例转移性结直肠癌病人起源类器官中都显示出了显著的抗肿瘤活性。
这些发现的意思不仅在于找到了新的医治靶点 ，更沉要的是证了然 AI 系统可能自主实现从海量数据分析到尝试规划设计的齐全流程。
当然 ，作为一个开创性的系统 ，OriGene 依然面对一些挑战。郑双佳暗示：“CA88工具挪用其实还不够好 ，由于工具数量重大 ，好多矛盾的结论让 AI 难以判断哪个更正确。」仉对此 ，团队在通过强化进建和自进化系统来解决这一问题。
另一个沉要挑战是数据资源的扩大。“我们此刻接入了一些开源工具 ，但在升级版本中 ，我们已经和多家贸易数据/谍报库公司成立了合作。”郑双佳泄漏 ，“通过我们平台 ，这些公司愿意将数据以 API 大局提供给我们 ，以更好地发现新的靶标。”
安全性也是团队高度器沉的问题。“由于系统过于通用 ，若是有人想要往不良方向使用 ，好比提出与健康无关的有害建议 ，我们此刻的防御措施还不够美满。”郑双佳暗示 ，团队在加强安全性过滤机造的开发。
团队打算在今年 7 月的世界人为智能大会上正式颁布这一系统。“我们但愿通过这个工作让领域内的钻研者看到 ，中国在这个方向上也在积极索求 ，并且已经获得了不错的进展。”
上海交通大学、临港尝试室结合造就钻研生张仲岳和周卓敏 ，复旦大学智能复杂系统尝试室本科生邱子杰 ，复旦大学从属榆林医院博士生吴英成 ，西湖大学工学院博士后李舒雅和临港尝试室青年钻研员王鼎言为共同第一作者。
上海人为智能尝试室青年科学家白磊 ，复旦大学从属榆林医院高强教授 ，复旦大学、上海人为智能尝试室钻研员孙思琦 ，上海交通大学院助理教授、临港尝试室双聘钻研员郑双佳担任共同通讯作者。
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